Instrukcje

Analizy danych strukturalnych

Wstęp teoretyczny dotyczący MRI i fMRI można przeczytać miedzy innymi :

http://en.wikipedia.org/wiki/Functional_magnetic_resonance_imaging

W internecie mozemy znaleźć szereg programów umożliwiąjących jakościową analizę obrazu MRI - jednym z bardziej

popularnych oraz przyjaznych użytkownikowi jest darmowy MriCro (orazMriCron).

Po sciągnięciu i instalacji programu - w pełni automatyczne - musimy otworzyć obrazy które będziemy analizować (oglądać).

Przykładowe dane strukturalne z naszym badań:

http://www.neuroobrazowanie.pl/pobieralnia/T1-struktura.rar/view

lub dane ze strony SPM:

http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/data/

 

Doskonałym miejscem aby uzupełnić naszą wiedzę anatomiczną jest strona :

http://www.med.harvard.edu/AANLIB/home.html

Polecamy również program Brain Voyager Brain Tutor, który może być pomocny w zdobyciu podstawowej wiedzy o anatomii kory mózgowej. Jego minusem jest, że nie obejmuje struktur podkorowych.

Analizy danych strukturalnych nie ograniczają się do analiz jakościowych, - używając odpowiednich narzędzi możemy

przeprowadzać także analizy ilościowe :

http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/mricro.html#ROI

http://en.wikibooks.org/wiki/SPM-VBM



Analiza danych funkcjonalnych wymaga o wiele wiekszego nakładu energii, niż ma to miejsce przy danych strukturalnych.

Oprogramowanie które możemy wykorzystać to

bezpłatny program FSL : http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/

Jest to oprogramowanie, które instalujemy pod systemem operacyjnym Linux (lub innych systemach unixowych). Jeśli chcemy korzystać z FSL w systemie Windows, możemy użyć pakietu oprogramowania VMware lub podobnego.


Alternatywą może być darmowe oprogramowanie SPM : http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/

W przypadku programu SPM problem polega na tym, iż potrzebny jest nam odpłatny program Matlab


Naszym zdaniem, do pracy z danymi najlepiej wybrać jeden z wymienionych programów  (choć istnieją też inne, na pewno

niezgorsze) gdyż to własnie do nich istnieje najwieksza liczbą materiałów dydaktycznych.


Szczegółowy opis analiz oraz dane możemy znaleźć na stronach SPM oraz FSL

 

Obydwa pakiety mają dedykowane listy dyskusyjne, na których można znaleźć odpowiedzi na szereg pytań, związanych z

analizą danych.

Lista mailingowa SPM

Lista mailingowa FSL